Механизм контроля целостности осуществляет слежение за неизменностью контролируемых объектов. Контроль проводится в автоматическом режиме в соответствии с заданным расписанием. Объектами контроля могут быть файлы, каталоги, элементы системного реестра и секторы дисков (последние только при использовании ПАК "Соболь" ). Каждый тип объектов имеет свой набор контролируемых параметров. Так, файлы могут контролироваться на целостность содержимого, прав доступа, атрибутов, а также на их существование, т. е. на наличие файлов по заданному пути. В системе предусмотрена возможность выбора времени контроля. В частности, контроль может быть выполнен при загрузке ОС, при входе пользователя в систему, по заранее составленному расписанию. При обнаружении несоответствия могут применяться различные варианты реакции на возникающие ситуации нарушения целостности, например, регистрация события в журнале Secret Net, блокировка компьютера.
Вся информация об объектах, методах, расписаниях контроля сосредоточена в модели данных. Модель данных хранится в локальной базе данных системы Secret Net и представляет собой иерархический список объектов и описание связей между ними. В модели используются следующие категории объектов в порядке от низшего уровня иерархии к высшему: ресурсы, группы ресурсов, задачи, задания и субъекты активности (компьютеры, пользователи, группы компьютеров и пользователей). Модель, включающая в себя объекты всех категорий, между которыми установлены связи, — это подробная инструкция системе Secret Net, определяющая, что и как должно контролироваться. Модель данных является общей для механизмов контроля целостности и замкнутой программной среды.
В сетевом режиме функционирования системы Secret Net управление локальными моделями данных на защищаемых компьютерах можно осуществлять централизованно. Для организации централизованного управления в AD создаются две модели данных — для компьютеров под управлением 32-разрядных версий ОС Windows и для компьютеров с 64-разрядными версиями операционных систем. Такое разделение позволяет учитывать специфику используемого ПО на защищаемых компьютерах с различными платформами.
Каждая из централизованных моделей данных является общей для всех защищаемых компьютеров под управлением версий ОС Windows соответствующей разрядности (32- или 64- разрядные версии). При изменении параметров централизованной модели, которая должна применяться на защищаемом компьютере, выполняется локальная синхронизация этих изменений. Новые параметры из централизованного хранилища передаются на компьютер, помещаются в локальную модель данных и затем используются защитными механизмами.
Редактирование централизованных моделей данных осуществляется со следующими особенностями: для редактирования доступна та модель данных, которая соответствует разрядности ОС Windows на рабочем месте администратора. Модель данных другой разрядности доступна только для чтения (при этом можно экспортировать данные из этой модели в другую). Таким образом, если в системе имеются защищаемые компьютеры с версиями ОС различной разрядности, для централизованного управления моделями данных администратору следует организовать два рабочих места — на компьютере с 32-разрядной версией ОС Windows и на компьютере с 64-разрядной версией ОС.