Установка ionCube PHP loader достаточно проста, для этого вам необходимо скачать данный модуль соответствующий архитектуре Вашей ОС с сайта разработчика IonCube. Пример представлен по установке IonCube Loader на Debian 6.0 x86_64:
Скачиваем архив с сайта разработчика следующей командой:

wget https://downloads2.ioncube.com/loader_downloads/ioncube_loaders_lin_x86-64.tar.gz

Распаковываем архив выполнив команду:

# tar -xvf ioncube_loaders_lin_x86-64.tar.gz

Смотрим версию PHP командой:

php -v

PHP 5.3.3-7+squeeze3 with Suhosin-Patch (cli) (built: Jun 28 2011 08:24:40)
Copyright (c) 1997-2009 The PHP Group
Zend Engine v2.3.0, Copyright (c) 1998-2010 Zend Technologies

Копируем модули соответствующие версии PHP на сервере в директорию с модулями php или создаем отдельную директорию ioncube/ и копируем в нее (в данном случае мы создали отдельную директорию для модуля), следующей командой:

# cp ioncube/ioncube_loader_lin_5.3.so /usr/lib/php5/ioncube/
# cp ioncube/ioncube_loader_lin_5.3_ts.so /usr/lib/php5/modules/

Добавляем в файл php.ini или создаем отдельный файл ioncube.ini, в данном примере создаем отдельный файл в /etc/php5/conf.d/ioncube.ini и добавляем следующие строки:

#vi /etc/php5/conf.d/ioncube.ini
zend_extension = /usr/lib/php5/modules/ioncube_loader_lin_5.3.so
zend_extension_ts = /usr/lib/php5/modules/ioncube_loader_lin_5.3_ts.so

Cохраняем изменения в файле и перезагружаем web-сервер Apache:

# /etc/init.d/apache2 restart

Проверяем результат установки модуля:

# php -m
...
[Zend Modules]
Zend Guard Loader
the ionCube PHP Loader

или

#php -v
PHP 5.3.3-7+squeeze3 with Suhosin-Patch (cli) (built: Jun 28 2011 08:24:40)
Copyright (c) 1997-2009 The PHP Group
Zend Engine v2.3.0, Copyright (c) 1998-2010 Zend Technologies
with the ionCube PHP Loader v4.2.0, Copyright (c) 2002-2012, by ionCube Ltd., and
with Zend Guard Loader v3.3, Copyright (c) 1998-2010, by Zend Technologies
with Suhosin v0.9.32.1, Copyright (c) 2007-2010, by SektionEins GmbH